Una vegada s'ha instal·lat el sistema en un servidor web, l'administrador/a de la revista s'encarrega de configurar la revista passant pels cinc passos corresponents, emplenant les plantilles i configurant els paràmetres d'administració. No cal dur a terme tot el procés de configuració a la vegada, sinó que l'administrador/a de la revista pot emplenar i desar les plantilles i tornar en qualsevol moment a la configuració per a acabar la tasca o per a fer-hi canvis.

L'administrador/a de la revista accedeix a la configuració des de la pàgina d'administració de la revista, on pot consultar textos d'ajuda per a cadascuna de les plantilles. La configuració del lloc web de la revista requereix prendre decisions i redactar textos per als elements que s'enumeren a continuació (entre d'altres), els quals es poden preparar amb antelació amb l'assessorament dels editors/es, o bé es poden afegir més endavant.

• Contacte principal per a la revista
• Contacte tècnic
• Declaració d'àmbit i temàtica de la revista
• Seccions i polítiques de la revista
• Indicacions per als autors/es
• Requisits per a les trameses destinats a autors/es
• Elements d'indexació i exemples adequats
• Política de revisió de persones expertes
• Indicacions per als revisors/es
• Política de drets d'autoria
• Política d'accés obert
• Consell de redacció i consell de revisió
• Polítiques de subscripció
• Presència de maquetistes, correctors/es d'originals i/o correctors/es de proves.